Lembaga pendidikan di pondok pesantren kempek dibagi menjadi dua bagian, formal dan non formal, berikut dibawah ini adalah rincian lengkap struktur lembaga formal dan non-formal ponpes kempek :
| Lembaga | |
|---|---|
| Formal | Non Formal |
| RA An-Annajah | Pondok Pesantren Putra |
| MI Nahdhatul Umam | Pondok Pesantren Putri |
| MTs Nahdhatul Umam | Lajnah |
| MA Nahdhatul Umam | MTLB |
| SMK Nahdhatul Umam | - |